Como se organizam e funcionam as comunidades biológicas? Como o funcionamento das comunidades é afetado por mudanças ambientais? Essas indagações estão no centro dos avanços sobre o entendimento dos fluxos de energia e de matéria na Terra, interligando assim componentes bióticos e abióticos dos sistemas ecológicos. A Ecologia de Ecossistemas é ramo da Ecologia que tem como objeto de estudos desde a microbiota presente em uma porção mínima de solo até o maior nível de organização ecológica terrestre, a biosfera. Entender como a energia flui a partir da conversão dos raios solares pelos organismos fotossintetizantes até a dinâmica de decomposição de sua matéria têm sido questões chave para a Ecologia de Ecossistemas.

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